Installer un second cerveau sur Obsidian avec Claude Code, et le commencer tôt

Points clés de cet article :

• Le second cerveau dont on parle ici est un dossier de notes Obsidian sur votre ordinateur, que Claude Code remplit et range.
• Il s'installe avec un skill open source, obsidian-second-brain, et quelques commandes.
• Les hooks de Claude Code l'alimentent pendant que vous travaillez. Un tri tourne chaque soir et attend votre accord avant de supprimer quoi que ce soit.
• Tenir un vault, c'est apprendre à dater, sourcer et relier ses notes. Un RAG d'entreprise demande les mêmes habitudes.
• Ce qui n'a pas été noté le jour même est perdu. Plus on commence tard, plus il manque de mois.

Le dernier jour du mois, il faut remplir le CRA. J'ouvrais l'agenda, je fouillais les mails envoyés, et je cherchais ce que j'avais bien pu faire le mardi de la deuxième semaine. Le temps passé sur un client sans laisser de trace sautait.

Aujourd'hui, j'écris « fais mon CRA d'octobre » et le classeur sort, un jour par colonne, un client par ligne, et dans chaque cellule un commentaire qui dit ce que j'ai fait. Ça tient au fait que, depuis mai, tout ce qui se passe dans mes journées finit dans le même dossier, avec sa date et le client concerné.

Ce que ça produit au quotidien

Le compte rendu d'activité

Pour le CRA, Claude croise l'agenda, les appels enregistrés, les commits, les mails envoyés, mes sessions de travail et le vault. Il ne compte que les moments où j'ai fait quelque chose moi-même. Un agent qui a tourné seul la nuit ne compte pas. Deux sujets menés en même temps comptent chacun pour leur client.

Quand je corrige le résultat, la correction reste. Le jour où j'ai précisé qu'une réunion déclinée ne compte pas, et qu'un enregistrement où l'on ne m'entend pas veut dire que je n'y étais pas, ces règles sont entrées dans les consignes du CRA. Le mois suivant les a appliquées sans que je les répète.

Avant un rendez-vous

J'écris « je vois ce client demain, fais-moi le point ». Je récupère l'historique des échanges, ce qui attend une décision et ce qu'on a promis, avec les dates.

Pour une relance

La fiche de la personne dit si on se tutoie, de quoi on a parlé au dernier appel et ce qui reste en suspens. Le mail de relance part de là.

Quand une vieille décision revient sur la table

Une décision prise à l'oral il y a six mois est notée avec ce qui l'a motivée. On n'a pas à refaire la discussion de mémoire.

Pour un devis

Claude part des offres qui existent vraiment au catalogue et de ce que le client a dit.

Ce qu'on appelle un second cerveau

Obsidian range les notes dans un dossier qu'il appelle vault (« coffre » dans la version française). Chaque note est un simple fichier texte au format Markdown, où # fait un titre et - une puce. Le dossier reste sur votre ordinateur, se sauvegarde avec le reste et s'ouvre avec n'importe quel éditeur.

Claude Code, l'outil d'Anthropic qui fait travailler Claude sur les fichiers de votre ordinateur, lit et écrit dans ce dossier. Je ne relis presque jamais mes notes moi-même, c'est Claude qui les retrouve, parfois des mois plus tard. Elles suivent donc des règles d'écriture précises, rangées dans un fichier _CLAUDE.md à la racine du vault. Claude le lit avant de toucher à quoi que ce soit.

Installer le second cerveau

Il vous faut :

• Obsidian, l'application de notes ;
• Claude Code, avec un abonnement Claude ou un compte API ;
• git, pour télécharger le skill depuis GitHub ;
• jq, dont les scripts se servent pour modifier les réglages de Claude Code.

Toutes les commandes se tapent dans le Terminal. Sur Mac, brew install git jq installe les deux derniers, à condition d'avoir Homebrew, l'outil qui installe des logiciels en ligne de commande.

Créer le vault et installer le skill

obsidian-second-brain est un skill open source, c'est-à-dire un mode d'emploi que Claude charge quand il en a besoin. Celui-ci lui apprend à tenir un vault. Les commandes ci-dessous le téléchargent, créent le vault et configurent Claude Code :

git clone https://github.com/eugeniughelbur/obsidian-second-brain ~/.claude/skills/obsidian-second-brain
python3 ~/.claude/skills/obsidian-second-brain/scripts/bootstrap_vault.py --path ~/Obsidian/Cerveau --name "Prénom Nom"
bash ~/.claude/skills/obsidian-second-brain/scripts/setup.sh ~/Obsidian/Cerveau

La deuxième crée les dossiers (notes du jour, personnes, projets, idées, tâches) et un premier _CLAUDE.md. La troisième indique à Claude Code où se trouve le vault, dans son fichier de réglages ~/.claude/settings.json (variable OBSIDIAN_VAULT_PATH). Elle installe aussi les hooks décrits plus bas et les commandes /obsidian-*.

Ouvrez ensuite le dossier ~/Obsidian/Cerveau comme coffre dans Obsidian.

Si vous avez déjà un vault plein de notes, sautez la deuxième commande et donnez votre vault à la troisième. Ouvrez ensuite Claude Code dans ce dossier (cd vers le dossier, puis claude) et tapez /obsidian-init. Claude lit vos notes et rédige un _CLAUDE.md adapté.

Écrire les règles du vault

Le _CLAUDE.md de départ est générique. Réécrivez-le avec votre métier, en français courant, comme vous brieferiez quelqu'un qui arrive dans l'équipe. Vous pouvez partir de celui-ci :

# Règles du vault

Ce vault est écrit et relu par Claude. Lis ce fichier avant toute action.

## Contexte
<Votre métier, vos clients, vos outils, ce que vous facturez.>

## Écrire une note
- Commencer par deux ou trois phrases : ce que contient la note, quand la relire.
- En-tête YAML : type, date, tags.
- Toute information extérieure porte sa date et sa source.
- Personnes, clients et projets sont cités en [[liens]] vers leur fiche.
- Chercher une note existante avant d'en créer une.

## Rangement
- Clients/<Nom>.md, People/<Prénom Nom>.md, Daily/AAAA-MM-JJ.md

Chaque fois que vous reprenez Claude sur une règle qui doit durer, demandez-lui de l'ajouter ici.

Comment le vault se remplit tout seul

Un hook est une commande que Claude Code lance de lui-même à un moment donné, par exemple quand une session s'ouvre ou se ferme. Les hooks se déclarent dans ~/.claude/settings.json, sous la clé hooks.

À l'ouverture d'une session

Le hook SessionStart regarde si la session s'ouvre dans le vault. Si oui, il donne _CLAUDE.md à Claude avant votre premier message.

Quand la session est compactée

Quand une conversation devient trop longue, Claude Code la remplace par un résumé pour faire de la place. Le hook PostCompact récupère ce résumé et le confie à un second Claude, en arrière-plan. Celui-ci repère les décisions, les tâches, les personnes et les projets, puis met à jour les fiches qui vont avec.

Le script d'installation a déjà posé ces deux hooks. Dans settings.json, ils ressemblent à ceci, chacun reliant un moment de la session à une commande :

"hooks": {
  "SessionStart": [{ "matcher": "", "hooks": [{
    "type": "command",
    "command": "python3 ~/.claude/skills/obsidian-second-brain/hooks/load_vault_context.py"
  }]}],
  "PostCompact": [{ "matcher": "", "hooks": [{
    "type": "command",
    "command": "~/.claude/skills/obsidian-second-brain/hooks/obsidian-bg-agent.sh",
    "async": true
  }]}]
}

À la fermeture de la session

Beaucoup de sessions se ferment avant d'avoir été compactées. Nous avons donc ajouté un hook SessionEnd. À la fermeture, il lance un second Claude sans fenêtre (claude -p), qui relit le transcript, c'est-à-dire toute la conversation, et passe la commande /obsidian-save du skill pour ranger dans le vault ce qui mérite de l'être. Enregistrez ce script dans ~/.claude/hooks/vault-save.sh :

#!/usr/bin/env bash
# Le Claude lancé ici déclenche lui aussi SessionEnd : la variable évite la boucle.
[ "${CLAUDE_INSIDE_HOOK:-}" = "1" ] && exit 0
TRANSCRIPT=$(jq -r '.transcript_path // ""')
[ -f "$TRANSCRIPT" ] && [ -d "$OBSIDIAN_VAULT_PATH" ] || exit 0
mkdir -p ~/.claude/logs
(
  export CLAUDE_INSIDE_HOOK=1
  cd "$OBSIDIAN_VAULT_PATH" && claude -p \
    "/obsidian-save Lis le transcript $TRANSCRIPT et enregistre dans le vault ce qui mérite d'être gardé. N'envoie rien, n'écris que dans le vault." \
    --add-dir "$(dirname "$TRANSCRIPT")" --model sonnet --permission-mode acceptEdits \
    >> ~/.claude/logs/vault-save.log 2>&1
) &

Puis déclarez-le dans settings.json, avec les deux autres :

"SessionEnd": [{ "matcher": "", "hooks": [{
  "type": "command",
  "command": "bash ~/.claude/hooks/vault-save.sh",
  "timeout": 30
}]}]

Le travail se fait en arrière-plan, la session se ferme sans l'attendre. Le transcript est rangé hors du vault, --add-dir donne le droit de le lire. --model sonnet utilise un modèle plus léger et moins cher, largement suffisant pour ce tri. --permission-mode acceptEdits laisse Claude écrire ses notes sans demander de confirmation.

Pendant la journée

Une idée qui vous vient hors de toute session s'enregistre avec /obsidian-capture. Dans une session en cours, vous pouvez aussi écrire simplement « retiens cet élément dans mon Obsidian » ou « mémorise ça dans mon Obsidian ».

Les appels enregistrés par un outil de transcription peuvent suivre le même chemin. Chez nous, chaque transcription est classée par client, la fiche est mise à jour et le mail de suivi attend en brouillon dans Gmail que je le relise.

Comment le vault se nettoie

Le tri du soir, validé par vous

Avec tout ce qui y entre, le vault se charge vite de sessions vides, de doublons et de notes mal rangées. Chaque soir à 19 h, une tâche planifiée lance donc Claude dans le vault. Il passe en revue les notes du jour et écrit un plan : ce qu'il faudrait supprimer, ce qu'il faudrait ranger par client ou par sujet. Il ne supprime et ne déplace rien lui-même.

Sur Mac et Linux, c'est cron, le planificateur du système, qui s'en charge. crontab -e ouvre la liste des tâches planifiées. Ajoutez-y cette ligne, où 0 19 * * * veut dire « tous les jours à 19 h » et où la suite est la consigne donnée à Claude :

0 19 * * * cd ~/Obsidian/Cerveau && /chemin/vers/claude -p "Lis _CLAUDE.md. Fais l'inventaire des notes créées ou modifiées aujourd'hui. Écris dans Logs/Nettoyage-$(date +\%F).md le plan : notes vides ou en doublon à supprimer, notes à ranger par client ou par sujet, synthèse à ajouter à la note du jour. Ne supprime et ne déplace rien." --permission-mode acceptEdits >> ~/.claude/logs/vault-cleanup.log 2>&1

Remplacez /chemin/vers/claude par ce qu'affiche which claude. Si l'ordinateur dort à 19 h, le tri saute ce soir-là.

Le lendemain, ouvrez Claude Code dans le vault, relisez le plan, corrigez-le si besoin et demandez-lui de l'appliquer. Chez nous, une revue croisée relit d'abord le plan, puis une notification me propose de reprendre la session pour valider.

L'entretien de fond

D'autres commandes du skill s'occupent du reste. On peut les lancer à la main ou les planifier une fois par semaine, comme le tri du soir.

• /obsidian-health cherche les liens cassés, les doublons et les notes orphelines, celles qu'aucune autre note ne cite.
• /obsidian-reconcile repère les contradictions. Quand une information récente contredit une fiche, la fiche est réécrite. Quand Claude ne peut pas trancher seul, il pose la question dans une note.
• /obsidian-emerge signale les sujets qui reviennent d'une semaine sur l'autre et n'ont pas encore leur page.

Second cerveau et RAG : quelle différence

RAG veut dire retrieval-augmented generation, génération augmentée par la recherche. Avant de répondre, le système cherche dans une base de documents les passages utiles et les transmet au modèle. C'est ainsi qu'une IA peut répondre à partir des contrats, des procédures ou des tickets d'une entreprise.

Qui s'en sert

Un second cerveau appartient à une personne et vit sur son ordinateur. Un RAG d'entreprise est partagé par une équipe, parfois par toute la société, et doit gérer qui a le droit de voir quoi. Le commercial n'a pas à tomber sur les fiches de paie.

Ce qu'on y met

Dans le vault, les notes sont écrites pour l'IA, courtes, datées, avec leur source et leurs liens. Un RAG avale les documents tels qu'ils existent : PDF, mails, wiki interne. Ils sont souvent longs et ont été écrits pour des humains.

Comment l'IA retrouve l'information

Dans un vault, Claude Code cherche directement dans les fichiers, un peu comme la recherche de votre ordinateur. Un RAG découpe les documents en passages et les indexe, la plupart du temps sous forme de vecteurs, des suites de nombres qui représentent le sens d'un texte. C'est ce qui lui permet de retrouver le bon passage dans des milliers de pages.

Ce qu'il faut mettre en place

Pour le second cerveau, un dossier, un skill et quelques hooks suffisent. Un RAG demande un index, une chaîne qui le tient à jour quand les documents changent, une gestion des droits et un hébergement compatible avec la confidentialité des données.

Pourquoi commencer par le vault

Un RAG a besoin d'informations datées, sourcées, sans doublon ni contradiction. Ce sont exactement les habitudes qu'on prend en tenant un vault. Et un vault bien tenu peut être indexé tel quel le jour où vous passez au RAG.

Pourquoi commencer le plus tôt possible

Un second cerveau ne vaut que par ce qu'il a déjà enregistré. Le premier mois, il sait peu de choses. Après six mois, il connaît vos clients, vos habitudes et les erreurs que vous lui avez déjà fait corriger.

Une partie de ce qu'il retient n'existe nulle part ailleurs. Un mail se retrouve dans les messages envoyés, un commit dans Git. Mais la raison d'une décision prise en réunion, l'option qu'on a écartée, ce qu'un client a dit au téléphone, tout ça disparaît si personne ne l'a noté le jour même.

Les règles mûrissent aussi. Mon CRA est plus juste aujourd'hui qu'au premier mois parce que chaque correction est restée. Une équipe qui s'y met dans un an commencera ce travail de zéro.

Installer le tout prend un dossier, un fichier de règles et quelques hooks.

Se faire accompagner

• Pour savoir où un second cerveau ou un RAG vous ferait gagner du temps, et par quoi commencer : le diagnostic et feuille de route IA.
• Pour que votre équipe sache installer, tenir et exploiter son propre vault avec Claude Code : la formation IA opérationnelle.
• Pour qu'on le configure chez vous et qu'on le branche sur vos outils (agenda, CRM, appels enregistrés) : décrivez votre besoin.